Pokud k nabytí nemovité věci (obvykle jde o datum právních účinků vkladu do katastru nemovitostí) došlo kdykoliv po 1. 1. 2014 (tedy i po 1. 11. 2016) a daňové řízení bylo již ukončeno, přičemž daň byla správcem daně vyměřena ze základu daně včetně DPH, může si poplatník v případě, že dosud neuplynula lhůta pro stanovení daně, podat dodatečné daňové přiznání a zažádat o vrácení případně vzniklého přeplatku na dani. Uvedené se týká pouze případů, kdy převodcem nemovité věci je plátce DPH a nabývací hodnotou je cena sjednaná, do níž je zahrnuto DPH.

Pokud daňové řízení nebylo dosud ukončeno, tj. správcem daně nebyla dosud vyměřena daň či ještě probíhá odvolací řízení, správce daně sám vyměří poplatníkovi daň podle výše uvedeného postupu. O vrácení případně vzniklého přeplatku na dani si opět může poplatník zažádat.

Volba tohoto postupu je důsledkem provedení podrobné analýzy v nedávné době zveřejněných rozsudků Nejvyššího správního soudu (4 Afs 88/2017–35, 7 Afs 301/2016 – 70). Ten při posuzování otázky, zda je součástí ceny sjednané DPH či nikoliv, dvakrát dospěl k závěru, že v případě, kdy je poplatníkem převodce, nelze do základu daně z nabytí nemovitých věcí DPH zahrnout. Finanční správa proto bezprostředně přizpůsobila svojí správní praxi u poplatníka převodce tak, aby odpovídala aktuální soudní judikatuře. V uvedených případech se však Nejvyšší správní soud nezabýval situacemi, kdy je poplatníkem daně nabyvatel. Situaci poplatníka nabyvatele bylo tedy nutné podrobit dalšímu rozboru obou rozsudků. Na základě důkladné analýzy se Finanční správa přiklonila k závěru, že není důvod, aby soud v budoucnu nerozhodl i v tomto případě obdobně jako u poplatníka převodce. Proto se rozhodla v zájmu vyjasnění situace u poplatníka nabyvatele změnit svou metodiku a správní praxi.